棕色皮毛的发现，以及在骨骼结构上与更常见的四川大熊猫的差异，促使科学家在2005年宣布秦岭大熊猫是一个独特的大熊猫亚种：Ailuropoda melanoleuca qinlingensis。秦岭大熊猫的颅骨相对较小，但臼齿较大。